2.3.4.2.2 Multifluorophores System
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Auch bei multifluorophoren Systemen werden wieder vier Probeansätze benötigt, in jedem Topf das betreffende Dideoxynukleotid, markiert mit einem bestimmten Fluoreszenzfarbstoff, also jedes Dideoxynukleotid mit einem anderen markiert. Die fluoreszenzmarkierten Dideoxynukleotide werden als Dye-Terminatoren bezeichnet, da nach ihrem zufälligen Einbau in die DNA-Kette die Polymerisation abbricht (endständige Markierung). Zur Unterscheidung der einzelnen Emissionsmaxima ist dem Photomultiplier ein rotierendes Filterrad vorgeschalten.
Der Vorteil multifluorophorer Systeme ist, daß je zu sequenzierender DNA-Probe nur eine Geltasche nötig ist. Damit sind bis zu 36 Proben mit einem PAA-Gel auf einmal sequenzierbar.