2.3.3.3 Southern Hybridisierung (blotting, transfer)
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Eine weitere Möglichkeit stellt die Southern Hybridisierung dar. Sie basiert auf folgender Vorgehensweise:
- Aus dem Agarosegel werden nach der DNA-Auftrennung die einzelnen Banden ausgeschnitten und die Gelstreifen in NaOH-Lösung gelegt (Denaturierung in Einzelstränge im Gel).
- Dann wird eine Glasplatte mit saugfähigem Filterpapier belegt, das mit einem Transferpuffer in Verbindung steht.
- Darauf werden die Gelstreifen mit geeignetem Abstand zueinander gelegt.
- Nun werden noch Nitrocellulose- oder Nylonmembranen aufgelegt, darüber angefeuchtetes Fließpapier und darüber mehrere Lagen trockenes Fließpapier und zuletzt alles mit Gewicht beschwert.
- Durch diesen Aufbau wird der Puffer vom und im Fließpapier hochgesaugt und nimmt dabei die DNA-Fragmente der Gelstreifen mit, wo sie im selben Muster wie vorher an der Membran hängenbleiben.
- Nun kann wie bei der Koloniehybridisierung fortgefahren werden.
Der gesamte Vorgang bis zur Hybridisierung wird oft als blotting bezeichnet.
