2.3.4.1.2 Kettenabbruch durch Dideoxy-Nukleotide

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Normale Nukleotide (dNTPs: dATP, dCTP, dGTP, dTTP) haben eine OH-Gruppe am 3'-Ende gebunden. Dideoxy-Nukleotide[1] (ddNTPs: ddATP, ddCTP, ddGTP, ddTTP) haben hingegen keine OH-Gruppe am 3'-Ende gebunden und können daher auch nicht an weitere Nukleotide binden. Es erfolgt ein Kettenabbruch.

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Die zu sequenzierenden DNA-Fragmente werden auf vier Reaktionsansätze verteilt. In jedem Restriktionsansatz kommen DNA-Polymerase I, alle 4 NTPs und jeweils eine Nukleotidsorte zusätzlich in dd-Form (weniger als die "normalen" Nukleotide). Dadurch findet ein Kettenabbruch statistisch in jedem Fragment statt, jedoch an unterschiedlichen Stellen.

[1]: Didesoxy-Nukletoide

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