2.3.4.1.1 Gewinnung von Einzelstrang und Primer

Für die Gewinnung von Einzelstrang und Primer gibt es grundsätzlich zwei Möglichkeiten. Eine Möglichkeit ist, daß das zu sequenzierende doppelsträngige (double strained) DNA-Fragment in einen Vektor eingebaut wird. (Voraussetzung hierfür ist, daß die Basensequenz der Einbaustelle des Vektors bekannt ist.) Dann wird das Fragment durch ein Restriktionsenzym mit einem Stück der vorausgehenden Vektor-DNA herausgeschnitten und denaturiert. Beide Stränge trennen sich voneinander. Zuletzt werden die Primer anhybridisiert.

Bei der zweiten Methode wird das zu sequenzierende DNA-Fragment mit einem Restriktionsenzym in zwei unterschiedlich große Subfragmente, die weiterhin doppelsträngig sind, gespalten. Die beiden Fragmente werden durch Denaturierung in Einzelstränge getrennt, die voneinander separiert werden. Zuletzt wird das kleine Subfragment an das Große anhybridisiert.